Единственным учредителем АО «Национальные информационные технологии» является Правительство Республики Казахстан в лице Комитета государственного имущества и приватизации Министерства финансов Республики Казахстан.

Согласно постановлению Правительства Республики Казахстан от 12 июля 2019 года № 501 «О мерах по реализации Указа Президента Республики Казахстан от 17 июня 2019 года № 24 «О мерах по дальнейшему совершенствованию системы государственного управления Республики Казахстан» права владения и пользования государственным пакетом акций АО «Национальные информационные технологии» принадлежит Министерству цифрового развития, инноваций и аэрокосмической промышленности Республики Казахстан.

Право распоряжения государственным пакетом акций АО «Национальные информационные технологии», находящимся в республиканской собственности, принадлежит уполномоченному органу по государственному имуществу.

Министерство цифрового развития, инноваций и аэрокосмической промышленности Республики Казахстан, осуществляя права владения и пользования государственным пакетом акций АО «Национальные информационные технологии», является Единственным акционером АО «Национальные информационные технологии», представляет интересы государства как акционера по вопросам, отнесенным к компетенции общего собрания акционеров, в соответствии с законодательством Республики Казахстан.